为加快过境货物通关速度，降低运输成本，东南非共同市场制定并实施了海关担保试验计划。该计划的实施意味着，今后凡从东南非共同市场成员国间过境货物，只要在一国办理了过境货物海关担保，在经过其他成员国时无需重复办理。此措施的实施不仅大大缩短过境货物通关时间，减少运输成本，而且使货物运输公司和进口商从中受益，同时也给贸易商和消费者带来了便利。

　　该计划未实施前，过境货物经过各国都须按照各国海关相关规定，向海关提供银行担保和风险担保，并缴纳海关税收风险担保金、履行相应手续。这些繁复重复措施的实行，不仅花费大，耗时长，而且大幅增加了贸易成本，不利于地区运输和贸易的发展。根据东南非共同市场2006年3月调查，东南非共同市场各成员国间平均每天有70多辆货车经过各国边界口岸，但由于每辆车需办理各种手续，缴纳相关费用，每辆车清关往往需要一周的时间。由此产生的车辆滞期费达到200美元/辆/天。但随着东南非共同市场海关担保试验计划的实施，这种局面将得到改善。

　　乌于2007年11月13日正式签署了该协议。以前从乌干达运送一个集装箱到肯尼亚蒙巴萨港需花费3000美元，随着乌加入该计划，从乌至蒙巴萨集装箱运费将有望降低。

　　东南非共同市场秘书处称，目前东南非共同市场成员国中已有10国通过了该计划，分别为：肯尼亚、埃塞俄比亚、津巴布韦、苏丹、布隆迪、吉布提、卢旺达、马拉维和马达加斯加。